Existen alrededor de 700 especies bacterianas en la cavidad oral y más del 50% son anaerobias estrictas.
En el conducto radicular se han investigado únicamente combinaciones entre 2 y 10 especies. Estudios en ratas han demostrado que Streptococcus mutans y Lactobacillus casei causantes de infecciones pulpar y perirradicular (Necrosis Pulpar).
Las infecciones endodóncicas se pueden clasificar según su localización anatómica en infección intrarradicular o extrarradicular; la infección intrarradicular se subdivide en tres categorías según el momento en que los microorganismos entran al sistema de conductos radiculares: primaria, secundaria y persistente.
Las infecciones endodóncicas sólo pueden tratarse mediante la intervención profesional utilizando procedimientos químicos y mecánicos.
Los principales pasos del tratamiento endodóncico en relación con el control de la infección se centran en la preparación químico-mecánica y en la medicación intraconducto administrada entre las citas.